В пределах нынешних губерний Орловской, Калужской, Смоленской двадцать городов восстали против царя Василия; в Нижегородской области поднялась мордва: в Вятской области чиновника, посланного царем Василием для набора войска, встретили бранью; в Астрахани изменил воевода князь Хворостин. Как ни противоположны были стремления Болотникова, Ляпунова и Пашкова, но сначала они действовали вместе. Болотников еще раз разбил царские войска, уже под начальством князя Мстиславского, при селе Троицком, в 70-ти верстах от Москвы, и стал в селе Коломенском; но далее Ляпунов, Пашков и Болотников не могли действовать вместе. Ляпунов и Сунбулов, опасаясь торжества Болотникова, а следовательно простонародья, перешли на сторону царя. Царь Василий пытался склонить на свою сторону и Болотникова, но последний не прельстился обещаниями и ответил: «Я дал душу свою царю Димитрию и сдержу клятву; буду в Москве не изменником, а победителем».

Против Болотникова выступил князь Михаил Васильевич Скопин-Шуйский, племянник царя, и при деревне Котлах разбил Болотникова, благодаря, однако, только переходу Пашкова во время самого боя на сторону царя Василия. После того Болотников засел в Калуге, а затем перешел в Тулу. Против Тулы отправился сам царь Василий. Стотысячная рать обступила Тулу. Болотников отбивался с обычным искусством и отвагою, пока не затопили Тулу, загородив реку Упу плотиною. Тула сдалась 10 октября 1607 года. Царь Василий обещал Болотникову помилование, но не сдержал слова: Болотникова утопили в Каргополе. Илейку, назвавшегося Петром, сыном царя Федора, и находившегося в Туле при Шаховском, казнили в Москве, также вопреки обещанию даровать жизнь. Наказание князя Шаховской), всей крови заводчика, — по выражению летописца, явного врага Шуйского, — ограничено было ссылкою на Кубенское озеро.

В это время в Стародубе явился человек, назвавший себя царем Димитрием. Кто был этот второй самозванец — так же неизвестно, как и кто был первый.