Явились так называемые перелеты, которые сегодня служили в Тушине, завтра царю Василию, потом — снова «вору» и опять царю. Семьи нарочно делились: одни члены семей были на стороне «вора», другие — царя, чтобы в случае торжества того или другого и там и тут иметь опору. В феврале 1609 года против царя Василия составился уже заговор; заговорщики требовали от бояр низложения царя, но бояре не явились на площадь и попрятались в домах, выжидая конца дела. Из бояр только один князь Василий Васильевич Голицын пришел на площадь. Заговорщики насильно притащили патриарха Гермогена, требуя от него избрания нового царя. Личность царя была не по душе Гермогену, и он не мог одобрять его деяний, но ради предупреждения больших зол Гермоген твердо стал за царя Василия. Однако твердость патриарха могла только отсрочить падение Шуйского.

Троице-Сергиева лавра была единственным местом, откуда мог бы раздаться голос примирения, ибо она издавна пользовалась глубоким уважением народа. Это хорошо знали тушинцы; они знали также, что лавра имела и стратегическое значение, потому что через нее шел путь в ту часть северо-восточной России, из которой только и можно было получить материальную помощь против тушинцев. Такое значение лавры объясняет упорную настойчивость, с которой Сапега и Лисовский вели осаду этого монастыря уже с 24 сентября 1608 года. В лавре под начальством князя Долгорукова-Рощи и Голохвастова находилось до трех тысяч ратников. С 3 октября Сапега и Лисовский начали громить монастырь из пушек; 12-го пытались взять его приступом, но неудачно. Ратники, слуги монастырские, иноки с одинаковою отвагою отстаивали лавру и вылазками беспокоили осаждающих. Зимою, от тесноты, открылись болезни; иноки ухаживали за больными, хоронили мертвых. Весною 1609 года болезни прекратились. 27 мая Сапега сделал самый отчаянный приступ, отражение которого предвещало спасение лавры. 28 июня Сапега снова повторил штурм, и опять неудачно. Лавра, таким образом, была спасена и дождалась своего освободителя, князя Михаила Васильевича Скопина-Шуйского.