Сам выбор невесты для Петра был продуктом партийной борьбы: знатные приверженцы его матери предлагали невесту княжеского рода, но победили Нарышкины, с Т. Стрешневым во главе, и выбрана была дочь мелкопоместного дворянина. Вслед за ней потянулись ко двору многочисленные родственники («более 30 персон», говорит Куракин). Такая масса новых искателей мест, не знавших притом «обращения дворового», вызвала против Лопухиных общее раздражение при дворе; царица Наталья скоро «невестку свою возненавидела и желала больше видеть с мужем её в несогласии, нежели в любви» (Куракин).

Этим, так же как и несходством характеров, объясняется, что «изрядная любовь» Петра к жене «продолжилась разве токмо год», а затем Пётр стал предпочитать семейной жизни — походную, в полковой избе Преображенского полка. Новое занятие — судостроение — отвлекло его ещё дальше; с Яузы он переселился со своими кораблями на Переяславское озеро и весело проводил там время даже зимой.

Участие Петра в государственных делах ограничивалось, во время регентства Софьи, присутствием при торжественных церемониях. По мере того как Пётр подрастал и расширял свои военные забавы, Софья начинала все более тревожиться за свою власть и стала принимать меры для её сохранения. В ночь на 8 августа 1689 г . Пётр был разбужен в Преображенском стрельцами, принёсшими весть о действительной или мнимой опасности со стороны Кремля. Пётр бежал к Троице; его приверженцы распорядились созвать дворянское ополчение, потребовали к себе начальников и депутатов от московских войск и учинили короткую расправу с главными приверженцами Софьи (кн. В.В. Голицын, Сильвестр, Шакловитый). Софья была поселена в монастырь, Иоанн правил лишь номинально; фактически власть перешла к партии Петра. На первых порах, однако, «царское величестве оставил своё правление матери своей, а сам препровождал время своё в забавах экзерциций военных».

Правление царицы Натальи представлялось современникам эпохой реакции против реформационных стремлений Софьи. Пётр воспользовался переменой своего положения только для того, чтобы расширить до грандиозных размеров свои увеселения. Так, манёвры новых полков кончились в 1694 г . Кожуховскими походами, в которых «царь Федор Плешбурской» (Ромодановский) разбил «царя Ивана Семеновского» (Бутурлина), оставив на поле потешной битвы 24 настоящих убитых и 50 раненых.