Что легче: захватить власть или удержать? Софья в тревоге начала задавать себе этот вопрос на следующий же день после победы. Еще не успели похоронить погибших, как она со своим любовником Василием Голицыным смело выступила против раскольников, которые стали представлять серьезную угрозу для страны. Вера глубоко религиозного русского народа была до самых корней расшатана реформами патриарха Никона, осмелившегося во время царствования царя Алексея Михайловича исправить ошибки, сделанные переписчиками богослужебных книг. Много оказалось и тех, кто не захотел отказаться от заблуждений предков, закрепленных традицией. Целые поселения раскольников-староверцев возникали в разных местах по всей территории России. Раскольники не соглашались отступать от веры, основанной на старых текстах, несмотря на неточности перевода, допущенные когда-то переводчиками с греческого на русский, и признавали только старые обряды, выступая против новой церкви. Отстаивая свои каноны, они произносили «Исус», как их прежде учили священники, в то время как в новых богослужебных имя Господа писалось как «Иисус». Они считали, что «аллилуйя» должно повторяться два раза в молитвах, а не три; обрекали на божественный гнев тех, кто крестился на современный манер тремя пальцами, вместо того чтобы совершать крестное знамение двумя перстами; с ужасом отказывались посещать «новые» церкви; называли попов боровами, предсказывали, что, если христианство пойдет по этому пути, небесная кара обрушится на всех. Другие раскольнические братства создавались по всей стране, связанные между собой общей целью – оспаривать авторитет официальной Церкви.