В 1894-1896 годах совершил второе кругосветное путешествие: в конце 1894 года из Петербурга прибыл на Средиземное море, в 1895 году перешел с эскадрой, которой он командовал, из Средиземного моря через Суэцкий канал на Дальний Восток, в 1896 году перешел через Тихий океан в Северную Америку, проехал через США и через Атлантический океан вернулся в Россию. В 1896 году командовал эскадрой Балтийского флота. Выдвинул идею создания мощного ледокола для исследования Арктики и руководил постройкой ледокола «Ермак». В 1897 году опубликовал капитальный труд («Рассуждения по вопросам морской тактики», 2-е изд., 1943), в котором изложил основы тактики парового броненосного флота, обосновал необходимость взаимодействия артиллерийских и минно-торпедных кораблей в бою, целесообразность применения кильватерного строя в боевых порядках броненосных эскадр, сформулировал принципы противоминной и противолодочной обороны. В марте 1899 года на «Ермаке» Макаров перешел из Ньюкасла в Кронштадт, преодолев льды Финского залива, затем совершил поход в Ревель. В июне — августе того же года совершил на «Ермаке» два пробных арктических рейса, проник к северу от Шпицбергена до 8Г2Г с.ш. В 1901 году плавал в Баренцевом море в тяжелых ледовых условиях, дважды подходил к Земле Франца-Иосифа и северо-западному берегу Новой Земли. С 1899 года главный командир Кронштадтского порта. В труде «Без парусов» (1903) разработал вопросы обучения и воспитания личного состава флота в мирное время. После начала Русско-японской войны 1904-1905 годов назначен 1 (14) февраля командующим Тихоокеанской эскадры и 24 февраля (8 марта) прибыл в Порт-Артур. Успешно руководил действиями кораблей при обороне Порт-Артура, но вскоре погиб на броненосце «Петропавловск», подорвавшемся на мине. В 1913 году в Кронштадте Макарову сооружен памятник (работы Л. В. Шервуда).
БСЭ. 1974. Т. 15
Глава первая. С мечтой о море
«Помни войну!» — начертано на памятнике Степану Осиповичу Макарову, украшающему центральную площадь Кронштадта, некогда главной морской крепости Российской державы. Замечательный скульптор Л. В. Шервуд изобразил флотоводца как былинного ратоборца Илью Муромца. И тот и другой, бескорыстные защитники Отчизны, в российскую историю вошли, так сказать, из народа.