Мать Степана Осиповича, Елизавета Андреевна, была дочерью унтер-офицера. Образования в детстве не получила. Она заботилась о детях, как всякая мать, но любимчиков у нее не было.

У четы Макаровых родилось пять детей — три сына: Иван, Яков, Степан и две дочери — Анна и Елизавета. Все родились в городе Николаеве Херсонской области. Иван умер еще кадетом. Яков стал впоследствии инженером-механиком флота. Четвертый ребенок, младший из сыновей, прославивший в отечественной истории род Макаровых — Степан, появился на свет 27 декабря 1848 года.

В тот день священник николаевской церкви портового города Николаева-на-Буге сделал в приходской книге под номером 44 следующую запись:

«Тысяча восемьсот сорок осьмого года декабря двадцать седьмого дня родился, а тридцатого дня того же месяца окрещен Степан, сын... прапорщика Иосифа (в жизни звался Осипом. — А. III.) Федорова Макарова и законной жены его Елисаветы Андреевой, кои оба православного вероисповедания. Таинство крещения совершил священник Александр Гайдебуров. Восприемниками были: капитан 1-го ранга Яков Матфеев Юхарин и умершего поручика ластового экипажа дочь девица Любовь...»

Когда младшему сыну исполнилось девять лет, матери не стало. А ведь именно в детстве влияние матери на детей обычно сказывается наиболее сильно. Степан Осипович Макаров вспоминал о Елизавете Андреевне часто, как подобает доброму сыну, с искренней признательностью за заботы о нем и любовь, которой она одаривала своих детей. Он писал о том времени:

«Я с девяти лет был совершенно заброшен, и с девяти лет я почти никогда не имел случая пользоваться чьими-нибудь советами. Все, что во мне сложилось, все это составлено путем собственной работы. Я немало трудился над собой, но во мне все-таки, должно быть, немало странностей, которые я сам, может быть, и не замечаю».