Хотя в Святую Землю и в Сирию тянулось множество паломников и путешественников, об этих странах имелись на редкость смутные сведения. Вопросы физической географии не были изучены с достаточной полнотой. Собранные сведения были скудны, а некоторые области, например Ливан и Мертвое море, еще вовсе никто не исследовал. Сравнительное географическое изучение этих стран по сути дела не начиналось. Чтобы заложить его основы, понадобился ревностный труд английского «Палестинского общества» и научный опыт многих путешественников. Но Зетцен, обладавший разносторонними познаниями, оказался отлично подготовленным для исследования этой страны, которая пока, сколько ее ни посещали, оставалась на деле неведомой.
Зетцен пересек всю Анатолию и в мае 1804 года прибыл в Халеб. Там он прожил почти год, занимаясь практическим изучением арабского языка, делая выписки из трудов восточных географов и историков и уточняя астрономическое положение Халеба. Кроме того, он производил естественноисторические исследования, собирал старинные рукописи и перевел множество народных песен и легенд, которые имеют важное значение для близкого ознакомления с жизнью народа.
В апреле 1805 года Зетцен выехал из Халеба в Дамаск. Сначала ему пришлось пересечь Хауранский и Джоланский округа, расположенные на юго-восток от этого города. До него еще ни один путешественник не посещал этих двух провинций, игравших довольно важную роль в истории евреев во времена римского господства и называвшихся тогда Ауранитис и Гаулонитис. Зетцен первый дал нам их географическое описание.
Отважный путешественник изучил также Ливан и Баальбек. От Дамаска он направился к югу, достиг Иудеи и исследовал восточную часть Хермона, Иордании и Мертвого моря. Здесь жили когда-то племена, хорошо известные в еврейской истории – аммониты, моабиты, галадиты, батанеи и другие. Южная часть страны в эпоху римского владычества носила название Переи, и там-то и находился знаменитый Декаполис, то есть «Союз Десяти Городов». В новое время ни один путешественник не посещал Переи. Для Зетцена это обстоятельство явилось поводом именно оттуда начать свои исследования.