В возрасте около сорока пяти лет он женился на одной очень богатой женщине, имени которой не приводит ни один из хронистов. Она скончалась, оставив ему семь детей – пятерых сыновей и двух дочек. После ее смерти он женился вторым браком на Лукреции Петрони; у нее была ослепительно белая кожа, и она являла собой совершенный тип римской красоты. Второй его брак был бездетным.

Франческо Ченчи ненавидел своих отпрысков, как если бы ему были совершенно чужды все естественные человеческие чувства, и даже не пытался скрывать ненависть, которую к ним питал. Он велел построить во дворе своего великолепного дворца, расположенного неподалеку от берега Тибра, церковь во имя св. Фомы и однажды, велев архитектору показать план склепа, бросил: «Вот сюда я надеюсь всех их уложить». Архитектор впоследствии признавался, что пришел в ужас от зловещего смеха, каким Франческо Ченчи сопроводил свое высказывание, и что, если бы не большие деньги, которые ему предстояло получить, он тут же отказался бы продолжать строительство.

Чуть только старшие его сыновья Джакомо, Кристофоро и Рокко выросли, он тут же отослал их в Испанию в Саламанкский университет; очевидно, Франческо полагал, что достаточно их удалить и он навсегда избавится от них; едва они уехали, он перестал думать о них и даже посылать им содержание. После нескольких месяцев борьбы с нищетой трем несчастным юношам пришлось покинуть Саламанку; пешком, босые, прося по пути подаяние, они пересекли всю Францию и Италию, возвратились в Рим и обнаружили, что отец стал еще более суровым, непримиримым, жестоким, чем прежде.

То были первые годы правления Климента VIII,

Как раз в это время он в третий раз был заключен в тюрьму за свои гнусные любовные похождения. Трое его сыновей вновь обратились к папе, утверждая, что отец бесчестит их имя, и умоляя применить к нему закон во всей его строгости. Папа счел такой поступок сыновей чудовищным и с позором прогнал их с глаз. Франческо же и на этот раз, как дважды до этого, уплатив большие деньги, вышел из тюрьмы.