После пострижения Ирины они направились в Новодевичий монастырь, куда удалился к сестре Борис, и молили его принять венец Мономахов. Но, желая укрепить свое избрание волей, выраженной якобы всем народом, он отклонил их просьбы и настоял, чтобы для решения вопроса о выборе царя был созван Земский собор. Результатом недолгого совещания наспех собравшегося собора стали возгласы: «Да здравствует государь наш, Борис Федорович!» Но он хотел еще сильнее упрочить свое избрание. Оставаясь в монастыре и предаваясь плачу и горести, он продолжал отказываться. Тогда под предшествием патриарха Иова и всех владык, несших иконы, Москва двинулась к монастырю молить несговорчивого правителя. Взяли даже особо чтимую Смоленскую икону Богоматери, хранившуюся в монастырском соборе, которую вынесли навстречу Борису: сама Богоматерь как бы явилась молить Годунова! Дрогнуло сердце, и Борис, обливаясь на этот раз уже искренними слезами, пал ниц перед иконой. Но даже в эти минуты не мог он воздержаться от лицемерного вопроса:

— О, Матерь Божия, зачем, зачем Ты подвиг сей сотворила воздвижением святого образа Своего!..

И в ответ раздался взволнованный голос патриарха:

— Подвиг сей из любви к тебе сотворила Богоматерь. Устыдись и покорись!

Но Борис и тут не покорился. Отслужили литургию, молили его, внесли святые иконы в келию инокини Александры, упрашивали, но брат не соглашался. Заставили собранный народ пасть на колени в ограде монастыря, притворно рыдать, ломать руки, молить Бориса… И он наконец устыдился и, как рассказывает историк, «в сокрушении духа» воскликнул: «Буди же святая воля Твоя, Господи!»

Достигнув престола тяжелой ценой, Борис испугался, помня, вероятно, что «поднявший меч от меча и погибнет». Как ни был самоуверен этот властолюбивый правитель, он усомнился в прочности престола и в своей безопасности на нем. Он заставил народ при принесении присяги на верность новому царю целовать крест, давая клятву не посягать на жизнь царя ни убийством, ни ядом, ни заговором, не посягать на царствование его, желая избрать другого царя. Давая такую беспримерную в истории клятву, Борис сам заставлял народ строить догадки, показывая свою нечистую совесть.