И государственная, и личная жизнь Годунова вполне было наладилась. Но ненадолго. Начались стихийные народные бедствия. После затяжных ливней весной, длившихся два с половиной месяца и погубивших урожай, небывалый мороз в августе сгубил и новые посевы. Житницы истощились; поля, засеянные слежавшимся невсхожим зерном, не дали урожая. И начался страшный голод. Борис оказывал помощь, раздавал в день по пятьсот тысяч денег (в то время — копеек), хлеб десятками тысяч пудов, но был бессилен в борьбе со стихийным бедствием. По рассказам современников, люди питались травой, ели кошек, собак и всякую падаль. В одной Москве умерло за это время до пятисот тысяч человек, а в провинциях дело обстояло еще хуже: голодные крестьяне целыми селами замерзали в лютый зимний холод. Чтобы дать голодающим заработать, Борис стал строить огромную колокольню Ивана Великого и большие каменные палаты в Кремле. Средства государственные истощились, а чернь, развращенная милостыней, отказывалась от работы, требовала новых подачек и бушевала. Вспыхивали мятежи. Недавнее очарование царем сменилось ненавистью. Темное прошлое Бориса, казавшееся ему прочно похороненным и забытым, снова всплывало. Разрасталась и забытая им тревога. Под ее влиянием он стал подозрительным и мстительным. Начались доносы, а с ними и гонения на лиц, казавшихся опасными, и наступило время избавиться от Романовых, продолжавших пока жить в Москве.

Делу взялся помочь угодливый родственник царя — Семен Годунов. Подкупив слугу Романовых, он подговорил его подбросить в кладовую боярина Александра Никитича мешок с ядовитыми кореньями и донести потом, что боярин замышляет на жизнь царя. Поручение это было выполнено, бояр Романовых схватили, судили, и хотя на суде выяснилась лживость доноса и их невиновность, однако был вынесен в июне 1601 года суровый приговор: