Василий Никитич, захворав во время ссылки, прожил в заточении всего восемь месяцев и последовал за братьями. Кроме Филарета выжил только Иван Никитич. Судя по летописи, решено было и его уморить, согласно приказанию Бориса, но за него заступился зять Романовых, Иван Годунов: распоряжение было отменено и Ивана Никитича не только помиловали, но вскоре освободили из заточения; он был переведен на службу в Уфу, затем в Нижний Новгород и в Москву. Однако ссылка Романовых и насильственная смерть троих братьев в тяжкой неволе от руки злодеев-приставов, угодливых приверженцев Бориса Годунова, — все это волновало народ, продолжавший любить Романовых и сильнее возненавидевший царя. А по мере усиления ропота росла тревога в душе Бориса. Власть его еще была сильна, но он чувствовал, что она может уйти из его рук. Виделось наступление новых бедствий, жестокой всесокрушающей бури. Появились невероятные чудесные знамения, придуманные вымыслом народным, суеверные приметы. Очевидцы рассказывали, как будто в небе всходили одновременно три солнца и три луны; ночью темное небо освещалось кроваво-красным пламенем, в свете которого, проступали столкновения враждующих войск. Женщины и животные рожали чудовищных уродов, появились не виданные раньше странные звери, по людным улицам Москвы бродило множество черных лисиц, а над городом со страшным клекотом парили хищные орлы. Летом 1604 года днем на небе появилась яркая комета с огненным хвостом, и какой-то иноземец-чародей, вызванный когда-то Борисом (большим любителем чародеев и звездочетов) из Германии, объясняя это видение, предвещал Москве неизбежное бедствие. Несомненно, что все эти россказни были вымышлены или преувеличены.

Борис в страшных предчувствиях изнемогал от душившей его мрачной тоски. Сон покинул несчастного царя в его роскошной опочивальне. В довершение всего поползли слухи, с каждым днем все упорнее утверждавшие, что царевич Дмитрий жив и он вскоре придет к Москве занять трон, дерзко отнятый у него властолюбивым временщиком. Борис совсем пал духом.