Шуйские занимали в это время приниженное положение и не могли явиться кандидатами. Самым серьезным претендентом, по мнению Сапеги, был Романов, самым дерзким — Бельский. Между претендентами шла оживленная борьба. В феврале 1598 г. был созван собор. По своему составу и характеру он ничем не отличался от других бывших соборов, и никакой подтасовки со стороны Годунова подозревать нельзя; наоборот, по составу своему собор был скорее неблагоприятен для Бориса, так как главной опоры Годунова — простых служилых дворян — на нем было мало, а лучше и полнее всего была представлена Москва, то есть те слои аристократического дворянства московского, которые не особенно благоволили к Годунову. На соборе, однако, царем был избран Борис; но уже вскоре после избрания бояре затеяли интригу.

Из донесения польского посла Сапеги видно, что большая часть московских бояр и князей, с Ф. Н. Романовым и Бельским во главе, задумали посадить на престол Симеона Бекбулатовича. Этим объясняется, почему в «подкрестной записи», данной боярами после венчания Годунова на царство, говорится, чтобы им не хотеть на царство Симеона.

Первые три года царствования Годунова прошли спокойно, но с 1601 г. пошли неудачи. Наступил страшный голод, который продолжался до 1604 г. и во время которого погибло иного народу. Масса голодного населения разбрелась по дорогам и стала грабить. Стали ходить слухи, что царевич Дмитрий жив.

Все историки согласны в том, что в появлении самозванца главная роль принадлежала московскому боярству. Может быть, в связи с появлением слухов о самозванце стоит опала, постигшая сначала Бельского, а затем и Романовых, из которых наибольшей популярностью пользовался Федор Никитич. В 1601 г. они все были отправлены в ссылку, Федор Никитич был пострижен под именем Филарета. Вместе с Романовыми были сосланы их родственники: князья Черкасские, Ситские, Шестуновы, Карповы, Репины.