Теперь удалось установить, что инженер-капитан Миклухо был одним из видных строителей железной дороги между Петербургом и Москвой. Он работал в Северной дирекции; в 1844 году имя его упоминается в царском указе с выражением благодарности инженерам северных участков дороги. Миклухо строил железнодорожный путь от Петербурга на Чудово и Мсту – до границы Крестецкого и Валдайского уездов. Года через два после указа капитана Миклухо назначают помощником начальника опытного участка Петербург – Колпино с веткой к Александровскому заводу, где строились тогда паровозы. 7 мая 1847 года американец Уистлер по приказу Миклухо провел по новой линии первый паровоз. Первый пробный участок был длиною лишь в двадцать шесть верст. К 1849 году открыли второй опытный путь: Вышний Волочек – Тверь, в сто двадцать верст длиною. Когда Миклухо назначили начальником участка, он навлек на себя гнев Клейнмихеля. Дело в том, что Северная и Южная дирекции соперничали, ссорились между собой. «Северянин» Миклухо из-за чего-то крупно поспорил с «южанином» Крафтом, человеком, который был лицом так похож на Наполеона, что все этому изумлялись. Из-за ссоры с двойником Бонапарта капитана Миклуху уволили с участка. Года два подряд сидел он в боровичской усадьбе, где подрастал его четырехлетний сын Николай. 20 июня 1852 года из канцелярии Клейнмихеля вышел приказ № 116 – о разделении железной дороги на отделения и дистанции. Миклухо назначался начальником IV отделения и получал в свое ведение отрезок пути в сто пятьдесят две версты – между Спировской и Клином, с такой крупной станцией, как Тверь. Шестилетний Маклай мог помнить многие события на железной дороге – пробный перевоз пехотной дивизии из Петербурга в Москву, проезд царской семьи, осмотр линии грозным Клейнмихелем... Это были такие времена, когда свистки первых паровозов пугали тверских и валдайских лосей, рабочие ловили филинов и орлов недалеко от насыпи дороги.