В начале 1930-х годов Берзин участвовал в свернутой позднее работе по подготовке партизанских кадров и специальной боевой партизанской техники, в строительстве укрепленных районов, в закладке продовольствия и оборудования для будущих партизанских баз. Курировал работу партизанских (читай: диверсионных) школ.

Столь массовое и по виду стихийное партизанское движение в годы Великой Отечественной войны готовилось еще в конце 1920-х годов. После Гражданской войны, когда обобщался ее опыт, в том числе и опыт партизанского движения, Берзин лично занимался вопросами организации и обеспечения партизанских операций, подбирал кадры. Учитывался и опыт отрядов активной разведки, которые действовали в первой половине 1920-х годов на территории Польши и Румынии.

В случае нападения на СССР можно было в короткий срок создать целые партизанские армии. Партизанские подразделения участвовали в окружных учениях 1929 — 1932 годов. Эта работа затормозилась в 1935 году, а спустя два года была названа подготовкой к государственному перевороту и ликвидирована. В 1941 году опыт Берзина и его товарищей пришлось применять в спешном порядке, в условиях наступления немцев.

«Каким он запомнился мне? — вспоминал адмирал в отставке Л. К. Бекренев. — Крепко сложенный, седая голова, поэтому и звали его „Стариком“, коротко подстриженные волосы, серо-голубые глаза, улыбка открытая, обаятельная. Я, например, не слышал, чтобы он хохотал, громко смеялся, а вот когда ему что-то нравилось или был в приподнятом настроении, то обязательно улыбался. Но был строгим, требовательным начальником. В то же время трепетно ценил людей, прямо-таки по-отечески относился к работникам управления.