Во время войны, в 1915 году, Ян призван в армию и работает окопным агитатором на Северо-Западном фронте. Спасаясь от царской охранки, он в 1916 году перебирается в Петроград и устраивается на завод слесарем, продолжает революционную работу. В Октябрьские дни вместе с латышскими красными стрелками участвовал во взятии Зимнего дворца, входил в состав партийных комитетов Выборгского района и всего Петрограда. После Октября работал в ВЧК у Ф. Э. Дзержинского, участвовал в подавлении выступления эсеров в Москве, в разгроме мятежа в Ярославле. Затем работал в наркомате внутренних дел секретарем местного отдела управления делами, членом редколлегии Вестника НКВД РСФСР.
В марте 1919 года он вернулся в ставшую советской Латвию на пост товарища наркома внутренних дел. Но здесь ему пришлось поработать лишь два месяца. Уже в мае Ригу захватили интервенты. А в июле начинается служба Берзина в Красной Армии. Он назначается начальником политотдела 11-й Петроградской стрелковой дивизии, затем начальником Особого отдела ВЧК Армии Советской Латвии, которая стала позднее 15-й армией (август 1919 — ноябрь 1920 годов). С этой армией он участвовал в сражениях против войск генерала Н. Н. Юденича и в советско-польской войне. Особенно тяжелыми были бои, когда белые захватили Ямбург, Лугу, Красное Село, Гатчину, Павловск и оказались, таким образом, в непосредственной близости от Петрограда. 21 октября 15-я армия перешла в наступление и освободила захваченные противником населенные пункты. К концу декабря враг на петроградском направлении был разгромлен.