20 сентября, около полудня, когда часть английских матросов была в городе, а команда корабля «Миньон» обедала, рядом с ним к набережной подтянулось большое старое испанское судно. «Миньон» решил отмежеваться от этого соседства и стал распускать паруса. В этот момент из города долетели звуки выстрелов, крики; одновременно с галеонов по «Иисусу» был открыт огонь. И из трюма нового соседа «Миньона» выскочили спрятанные в нем испанские матросы и полезли на его палубу, но были после ожесточенной схватки сброшены за борт. По заливу со стороны города плыли, спеша к своим кораблям, уцелевшие англичане. «Миньон» и «Юдифь», стоявшие ближе к выходу и более легкие на ходу, чем грузный и менее поворотливый «Иисус» и чем испанские галеоны, успели выскочить в море, предоставив товарищей их судьбе.
Но «Иисус» защищался отчаянно и недешево продал свою жизнь. Адмиральский корабль был им пущен ко дну, вице-адмиральский — подожжен, абордажные атаки — отбиты. И только когда испанцы направили на него брандер, участь его была решена. По-видимому, сами испанцы попятились перед этой героической защитой горсти взятых обманом и обреченных людей против подавляющих сил целого флота, и они не решились на преследование.
Тем временем Дрейк на «Юдифи» и Хокинс на «Миньоне» неслись в открытое море. Положение было отчаянное: застигнутые врасплох, они почти не имели ни провианта, ни воды. Оба судна в сто и в пятьдесят тонн, скорлупки в сравнении с современными гигантами боевого флота, были переполнены случайно спасшимися матросами с пяти кораблей. Предстояла голодная смерть. Но нашлось сто человек, которые добровольно согласились высадиться на берегу и собственным риском сделать возможным спасение для других.
Плавание было тяжелым. Буря разделила обоих товарищей. Чума почти опустошила «Миньон», и только прибитый случайно к испанскому порту Виго и случайно нашедший там английские корабли Хокинс смогли запастись продовольствием, набрать свежую команду и к концу января 1569 года вернуться на родину. Более легкая «Юдифь» опередила его, и на Дрейка выпала тяжелая доля: отправиться в Лондон и донести королеве о несчастье. Так произошло боевое крещение будущего адмирала.