Припадки, по-видимому, не явились для его семьи полной неожиданностью, Флобер, как утверждают, однажды рассказал Мопассану, что уже в двенадцать лет страдал слуховыми и зрительными галлюцинациями. Да и в дальнейшем его недаром отправили смотреть мир в сопровождении врача, а поскольку отец всегда рекомендовал в качестве лечения перемену мест, можно предположить, что здоровье сына вызывало у него тревогу. Люди при всем своем достатке провинциальные, вполне заурядные и скуповатые, Флоберы вряд ли послали бы отпрыска в путешествие, да еще с врачом, только потому, что он выдержал обычные для образованного француза экзамены. Нет, писатель с юности чувствовал, что не совсем похож на окружающих, и причиной его мрачного пессимизма как раз и могла быть таинственная, подтачивающая его нервную систему болезнь. Как бы там ни было, теперь он уже определенно знал, что подвержен ужасному недугу с непредсказуемыми приступами, и, следовательно, надо было менять образ жизни. Он решил, видимо, не без облегчения, бросить юриспруденцию и никогда не жениться.

В 1845 году умер его отец, а двумя-тремя месяцами позднее скончалась при родах единственная и обожаемая сестра Каролина. В детстве они были неразлучны, и до самого ее замужества он ни с кем так не любил проводить время.

Незадолго до смерти доктор Флобер купил "Круассе" - поместье на берегу Сены, где был хороший каменный дом двухсотлетней давности с террасой и павильон над рекой. Тут и поселились вдова, Гюстав и маленькая дочь Каролины; старший брат Флобера, Ашиль, к тому времени уже женился и сменил отца на посту в руанской больнице. Круассе стало пристанищем Флобера до конца жизни. Писать он начал с ранних лет, а теперь, потеряв из-за недуга надежды на полноценную жизнь, задумал полностью посвятить себя литературе.