В годы Отечественной войны талант Алейникова засверкал с новой силой. Кому, как не ему, с его обаянием, добротой и юмором, предстояло вселять в бойцов веру в победу и оптимизм. Поэтому один за другим выходят на экран новые фильмы с его участием: "Александр Пархоменко" (1942), "Непобедимые", "Во имя Родины" (1943), "Большая земля", "Небо Москвы" (оба - 1944). В последнем фильме Алейников сыграл свою третью, к сожалению последнюю, главную роль в своей недолгой киношной карьере.

В 1946 году Алейников решил резко изменить свой актерский типаж (эдакий рубаха-парень) и принял предложение режиссера Л. Арнштама сняться в его фильме "Глинка" в роли... А. С. Пушкина. Безусловно, это был смелый ход как со стороны режиссера, так и со стороны актера, но зритель подобного поворота в судьбе любимого актера не принял. Алейников в роли поэта вызывал в зале дружный смех. Актер после этого даже попросил снять из титров фильма его фамилию, хотя считал эту роль одной из лучших в своем послужном списке. С этого момента наступил закат в кинокарьере Алейникова. За четыре года он был приглашен сниматься только трижды, да и то в крохотные эпизоды. Во многом это объяснялось личной недисциплинированностью самого актера, который к тому времени почти спился. Поэтому, несмотря на то, что Алейников был обожаем зрителями, многие режиссеры боялись связываться с ним, зная его скандальный характер. Например, в 1945 году на съемках фильма "Морской батальон" режиссер Александр Файнциммер вынужден был применить силу, чтобы привести Алейникова в нормальное состояние. Алейников тогда приехал на съемки в Ленинград со своей любовницей Лидией, вечерами в номере гостиницы напивался и бил ее смертным боем. Режиссеру приходилось вызывать моряков, чтобы те охраняли бедную женщину.

В конце концов к началу 50-х годов Алейников оказался за бортом большого кинематографа.