Владимиру Путину досталось не слишком упорядоченное наследство в части отношений государства и религиозных объединений. Общим местом уже стало утверждение, что государство имело при Борисе Ельцине особые отношения с Русской Православной Церковью (Московского Патриархата – в отличие от иных юрисдикций). Не менее несомненным было несколько ущемленное положение новых религиозных движений (НРД) и части уже далеко не столь новых, но недостаточно широко представленных в России религиозных объединений. Ислам, ортодоксальный иудаизм и буддизм в его традиционном для России (калмыцком, тувинском или бурятском) варианте пользовались «благожелательным нейтралитетом» государства. Надо полагать, государство готово было бы особо отличать ислам, но этому мешала раздробленность мусульманского религиозного руководства, неудобная и малопонятная для чиновников.

Не вдаваясь здесь в подробности, касающиеся 90-х годов

Концепции «инвентаризации» и «вертикали власти», с которыми начинал свое правление новый Президент, предполагали, очевидно, некую концептуализацию и координацию также и конфессиональной политики, но до этой далеко не первостепенной по политической значимости темы поначалу просто не доходили руки. События начала 2000 года не давали оснований говорить о какой-то направленной политике

С одной стороны, глава Отдела внешних церковных связей (ОВЦС) Патриархии митрополит Кирилл (Гундяев), ведающий, среди прочего, и отношениями Церкви с государством, привлекался даже к разработке концепции нового правления, проходившей под руководством Германа Грефа (правда, эти разработки остались в основном втуне). Патриарх Алексий II оказался единственным деятелем, присутствовавшим при передаче «ядерного чемоданчика» от Ельцина к Путину.

С другой стороны, в подписанной уже 10 января 2000 г. «Концепции национальной безопасности», в отличие от предыдущей (1997 года) РПЦ не упоминается, равно как и беспокоящие ее «тоталитарные секты» (то есть НРД); речь идет только о «культурно-религиозной экспансии соседних государств на территорию России», что, скорее всего, относится к радикальным мусульманским течениям (обычно более или менее обоснованно называемым в России «ваххабитами»).