В дальнейшем текст Концепции менялся

Уже через три дня после публикации Концепции Понкина-Жбанкова появился и альтернативный проект, давно готовившийся кафедрой религиоведения Российской Академии государственной службы (РАГС), возглавлявшейся Николаем Трофимчуком

Нельзя забывать, что Николай Трофимчук не был чужим и авторам первого проекта: на их сайте «Государственно-конфессиональные отношения» (теперь – «Государство и религия в России») он вел свой раздел. Трофимчук – соавтор книги «Экспансия»

… в отношениях с Западом Россия должна всячески подчеркивать свою цивилизационную особенность и защищаться с помощью особого рода «социокультурных фильтров», прозрачных для информации, касающейся новых технологий, но не прозрачных или полупрозрачных для информации, способной напрямую воздействовать на систему, основанную на традиционных религиозных ценностях и в целом на всю аксиологическую сферу

Очевидно сходство с идеями митр. Кирилла.

И все же религиозные лидеры дружно предпочли вариант Жбанкова и Понкина. Во-первых, проект РАГС воспринимался многими, в первую очередь в РПЦ, как «атеистический», так как в нем подчеркивалось дистанцирование государства от Церкви, четко оговаривалась невозможность реституции церковного имущества и внедрения религии в школу, прямо утверждалось, что соблюдение религиозного равноправия важнее вероятной практической полезности преимущественного сотрудничества государства с Русской Православной Церковью или иными религиозными объединениями. Во-вторых, проект РАГС предлагал восстановить единый координирующий орган по конфессиональной политике, что вызывает опасения в усилении контроля, а крупные религиозные объединения, в первую очередь РПЦ, к тому же предпочитают сами искать контактов с высшими политиками и обходиться без посредников