В 1896 году Короленко переезжает в Петербург, а с 1900 года живет в Полтаве. С неослабевающим интересом он продолжает следить за жизнью страны, отзываясь на все значительные события эпохи. Он участвует в организации защиты крестьян на судебных процессах в Харькове и Полтаве, созданных полицией в связи с так называемыми «аграрными беспорядками» на Украине, и выступает в печати с требованием судить не крестьян, а полицию, подавившую кровавыми расправами движение деревенской бедноты.

В 1902 году Короленко выступает с протестом против отмены выборов Горького в члены Академии наук. Как почетный академик по разряду изящной словесности Короленко принимал участие в избрании Горького, однако выборы были отменены по указанию царя Николая. В газете появилось сообщение об их отмене, причем объявлялось это от имени Академии наук. Получалось, что сами академики, в числе которых был и Короленко, отменяли решение без какого-либо обсуждения на заседании Академии. Такая ложь не могла не оскорбить писателя. «Мне кажется, — писал он А. Н. Веселовскому, — что, участвуя в выборах, я имел право быть приглашенным также к обсуждению вопроса об их отмене, если эта отмена должна быть произведена от имени Академии. Тогда я имел бы возможность осуществить свое неотъемлемое право на заявление особого к этому предмету мнения». В апреле 1902 года Короленко приезжает в Петербург специально для того, чтобы добиться гласного обсуждения вопроса об отмене выборов Горького, и, испробовав все средства, которыми он располагал, 25 июля 1902 года подал заявление об уходе из Академии наук. В этом заявлении Короленко писал: «Ввиду всего изложенного, то есть, что оглашенным от имени Академии объявлением затронут вопрос, очень существенный для русской литературы и жизни;