Как вспоминает сам Т. Круз: "Меня направили в класс коррекции чтения. Это было сущим мучением, выделяло и отдаляло меня от других детей. Я не мог понять, как пишется та или иная буква. И это влияло на все, что я делал, — на то, как пишу, как произношу слова, как понимаю прочитанное, буквально на все! Мое правописание было ужасающим. К счастью, мне удалось научиться распознавать буквы визуально, но это требовало огромных усилий как моих, так и маминых".

В довершение ко всему, когда Тому было 13 лет, из семьи ушел отец. Мальчик никогда не находил общего языка с отцом, поскольку тот постоянно был чем-то занят. Вдобавок Круз-старший увлекался "зеленым змием" и превратился в законченного алкоголика. После развода он стал бродяжничать и со своей бывшей семьей практически не общался. Ему было наплевать, что близкие прозябают в ищете, что его детям приходится донашивать одежду своих двоюродных братьев и сестер. С тех пор Том не любит рассказывать о своем родителе, видимо, стесняясь именно этих деталей его биографии.

После того как из семьи ушел отец, Том принял решение стать священником и поступил в семинарию Святого Франциска в Луисвилле. Она отличалась тем, что треть ее воспитанников были детьми из неполных семей. Там он впервые получил хорошее образование, поскольку до этого ему пришлось часто менять школы. Однако пребывание в стенах семинарии длилось недолго всего полтора года. Вскоре семинарию закрыли, поскольку число семинаристов сократилось до 50 человек и содержать ее стало экономически нецелесообразно. Том встретил этот факт без всякого сожаления — в последние месяцы он стал тяготиться пребыванием там. Юноша понял, что аскетичная жизнь священника не для него. Он уже начал интересоваться девушками, хотя переживал, что не будет иметь у них успеха из-за маленького роста. Но это оказалось не так.

Первое романтическое увлечение Том пережил осенью 1978 года, познакомившись с 16-летней ученицей соседней школы Лори Хобс.