В этом проекте Невельской между прочим ставил вопрос о необходимости описать юго-западный берег Охотского моря до устья Амура и самое устье, а также северо-восточный берег Сахалина до 52° северной широты. Однако Меньшиков все это вычеркнул, написав в своей инструкции весьма неопределенно, что Невельскому разрешается"…осмотреть юго-западный берег Охотского моря между теми местами, которые были определены или усмотрены прежними мореплавателями". Но ведь Крузенштерн был в лимане, Гаврилов был также в нем и заходил даже далее, поднявшись на 12 км вверх по самому Амуру. Где можно было провести грань между тем, что разрешалось и чего нельзя делать, чтобы не навлечь на себя наказания, которым Меньшиков пригрозил Невельскому в случае ослушания или неблагополучия судном?

При этих условиях Невельской, желая заручиться поддержкой Н. Н. Муравьёва, пишет тому в Иркутск письмо, сопровождает его проектом инструкции, которую просит просмотреть, и, поддержав ее, переслать обратно в Петербург для утверждения. В одном из пунктов этой инструкции значилось, что Невельской должен был "описать юго-восточный (фактически, конечно, юго-западный. — Л. К.) берег Охотского моря и берега Татарского залива". Понимая, что без утверждения инструкции, в которой бы прямо говорилось о необходимости описи Амурского лимана и Амура, он в случае неудачи рискует очень многим, Невельской, не в пример Гаврилову, который, несмотря на огромную важность поставленной перед ним задачи, нашел мотивировки для оправдания ее невыполнения, писал Муравьеву, что он "великолепно понимает значение познания этой страны для России и употребит все свои силы и способности, чтобы представить добросовестную картину мест, доселе закрытых мраком".

21 августа 1848 года «Байкал» вышел из Кронштадта, 15 ноября бросил якорь в Рио-де-Жанейро, 2 января 1849 года пересек меридиан мыса Горн на Огненной Земле, зашел в Вальпарайзо и Гонолулу и 12 мая 1849 года, на 2,5–3 месяца раньше срока, прибыл в Петропавловск.