В 1929 году вокруг его имени, и так не остающейся без внимания ревностных охранителей правительственной литературы, — разразился очередной скандал. Вместе с Е. Замятиным Пильняк был подвергнут широкомасштабной организованной травле, поводом для которой стала публикация в Берлине в издательстве «Петрополис», где печатались советские писатели, его повести «Красное дерево» и романа Е. Замятина «Мы». Пильняк в то время возглавлял Всероссийский Союз Писателей, и причина скандала заключалась в том, что полная централизация всех структур государства и общества, полным ходом шедшая в стране, коснулась и писательских организаций, которыми, в частности, руководили Пильняк и Замятин. Стройность идеологических рядов к этому времени становится важнейшей задачей лидеров страны.

В ответ на разгоревшуюся травлю 2 сентября Пильняк подал заявление о выходе из Союза писателей: «В Правление Всероссийского Союза Писателей от Б. Пильняка. Прошу не считать меня от сего числа членом Правления Союза писателей. Бор. Пильняк. 2 сент. 1929»

7 октября это же сделал Е. Замятин. В знак протеста против исключения из Союза Пильняка и Замятина и нападок на них из Союза вышла и Анна Ахматова.

Скандал разразился повсеместно, шел по нарастающей и закончился только в апреле 1931 г. Все это время повесть в 51 стандартную страницу упорно называлась «романом». В защиту Пильняка выступил М. Горький, который не раз критиковал творчество и общественное поведение писателя. Он не согласился с таким отношением к нему, которое «как бы уничтожает все его заслуги в области советской литературы»: «Я всю жизнь боролся за осторожное отношение к человеку, и мне кажется, что борьба эта должна быть усилена в наше время и в нашей обстановке…»