Как известно, подобный прогноз человеческого финала не вполне согласуется с православным богословием, и это «еретичество» заботит самого писателя, неоднократно консультировавшегося по вопросам теологии с иерархами русской православной церкви. Однако нельзя забывать и о том, что на протяжении всей своей истории православие развивалось в борьбе с различными ересями, и эта полемика давала полезную подпитку православной мысли. Элементы «еретического» мышления проникли в творчество большинства великих писателей: связанного с тамплиерами Данте; Гете, чей Фауст в начале своего пути рассматривает каббалистический символ макрокосма — шестиконечную звезду; отлученного от церкви Толстого.

Матвея постигает наказание за его попытку прикоснуться к испепеляющему знанию о судьбах Вселенной, и наказан он прежде всего отступничеством любимого сына Вадима. Переживающий духовный кризис отец Матвей говорит пришедшему к нему фантому, поначалу принимаемому им за сына: «С Богом не мудри, памятуя, что сказка должна быть страшная, сабля вострая, дружба прочная, вера детская...»

В эпилоге романа похожий на птицу ангелоид Дымков, предварительно открыв Дуне Лоскутовой пророчества о последних временах человечества, покидает Землю, так и не успев покарать царящее на ней Зло. Но на Земле остаются кроткая Дуня, неутомимый правдоискатель Никанор Шамин, пытающийся осмыслить трагедию своего народа Матвей, остается память о сраженном собственной совестью дьяконе Никоне Аблаеве, подлинном русском интеллигенте, профессоре Филуметьеве, о сохранившем в себе, несмотря на все перипетии истории, высокое человеческое начало комиссаре Тимофее Скуднове. В запечатленной Леонидом Леоновым народной Руси чувствуется героическая суриковская закваска. И образы этих героев ярче, чем их философские рассуждения, убеждают в том, что духовные возможности человечества еще не исчерпаны и что «созданные из глины», даже если им и суждено «торжественное, окончательное возвращение к солнцу, от которого все родились», достойно прошли свой земной путь.