«Мадам Бовари». Мучительно трудно работается. «Создавая эту книгу, я подобен человеку, который играет на рояле, имея на каждом суставе по свинцовому ядру». Пугает судебное преследование. Впоследствии Флобера будет раздражать постоянный успех его шедевра, который, по его мнению, делает его автором одной книги. Он скажет своему другу Дю Кану: «Если бы я выиграл на бирже солидную сумму, я скупил бы все экземпляры „Мадам Бовари“ и сжег бы их, чтобы никогда о них не слышать».
Попадает в психиатрическую клинику Элиза Шлезингер, страдающая «сильной меланхолией». После выхода в свет романа «Саламбо» Флобер оказывается в кругу богатых друзей. Однако он остается так же по-детски простодушен и доверчив в финансовых вопросах, и матери приходится продать недвижимость, чтобы покрыть его долги. В 1867 году Гюстав тайно от матери отдает весь контроль над своими денежными делами мужу своей племянницы Эрнесту Комманвилю. Через тринадцать лет в результате расточительности, неумения и невезения Флобер теряет все свое состояние.
Смерть Луи Буйе, о котором Флобер как-то сказал, что он та — «минеральная вода», которая помогает ему переваривать эту жизнь. «Потеряв моего Буйе, я потерял свою кормилицу, человека, который понимал мои мысли глубже, чем я сам». Вскоре уходит из жизни Сент-Бев. «Ушел еще один! Наша команда становится все меньше! С кем же теперь можно поговорить о литературе?» Напечатан роман «Воспитание чувств», с точки зрения отзывов критики и коммерческого успеха — это была неудача. Он разослал сто пятьдесят экземпляров книг друзьям и знакомым, но только около тридцати адресатов письменно поблагодарили его за подарок.