Биографические сведения о писателе крайне скудны. Журналисты, берущие у него интервью, обычно жалуются на упорное нежелание Махфуза сообщать им что-либо о себе и своей личной жизни. В отличие от многих арабских писателей не создал он и произведений, по которым можно было бы реконструировать годы его детства и юности. Известно лишь, что он родился в 1911 году, рос в большой многодетной семье, жившей в старом квартале Каира — аль-Гамалийе. Его отец, чиновник средней руки, помог сыну окончить школу и поступить в 1930 году в университет.

В студенческие годы Махфуз увлекся идеями социализма, сблизившись с выдающимся египетским философом и литературоведом Салямой Мусой. Один из первых пропагандистов социалистической идеологии и дарвинизма на Арабском Востоке, С. Муса на долгие годы стал наставником и литературным критиком молодого писателя, начавшего тогда же, в 30-е годы, сотрудничать в издававшихся Мусой журналах, — сперва как публицист, позднее как автор коротких рассказов. В 1932 году он осуществил по совету своего учителя перевод книги английского историка Дж. Бейки «Древний Египет».

Две всепоглощающие страсти владели Махфузом с юношеских лет: футбол и чтение книг. Современники прочили ему славу выдающегося спортсмена, так как на поле он не имел равных в беге и быстроте реакции. Но решительно оставив спорт, он погрузился в изучение мировой литературы. Его любимыми авторами стали русские писатели Толстой, Достоевский и Чехов, а из европейских — Мопассан и Андре Жид.

Окончив в 1934 году философский факультет Каирского университета, Махфуз начинает работать в его секретариате, затем переходит на государственную службу. После революции 1952 года становится советником по вопросам кинематографии при Министерстве культуры Египта, занимая эту должность вплоть до ухода в отставку в 1971 году.