На юго-восточной окраине Центральной Азии и в западных частях собственно Китая лёссовая почва, будучи размыта реками во всю свою толщину, обнажает мощные пласты, иногда до 2000 футов по вертикали. В Гобийской же пустыне при крайней бедности атмосферных осадков и отсутствии стекающих к океану вод лёссовые залежи лишь изредка и обыкновенно незначительно изборождены. Здесь лёссовый осадок то в чистом виде, то в смеси с продуктами разложения местных горных пород, то, наконец, покрытый массами сыпучего песка, выполняет глубокие котловины, трещины и впадины горного скелета, чем придает стране однообразный равнинный характер.

По своему климату Чжунгарская пустыня не отличается от всей Гоби вообще. Как там, так и здесь главной характеристикой климатических явлений служат огромная сухость воздуха при малом количестве атмосферных осадков в течение всего года; резкие контрасты летнего жара и зимнего холода; наконец, обилие бурь, в особенности весной.

Растительность Чжунгарской пустыни крайне бедна и в общем мало отличается от наиболее бесплодных частей всей Гоби. Как там, так и здесь на почве песчаной, в особенности если к ней примешано немного лёссовой глины, флора все-таки разнообразнее, нежели на площадях чисто лёссовых или покрытых щебнем; солончаки еще того бесплоднее. В горных же группах, изобильных в восточной части описываемой пустыни, растительная жизнь несколько богаче.

Деревьев в Чжунгарской пустыне нигде нет. Из кустарников преобладает саксаул, маленькая эфедра, хвойник и низкорослая, издали похожая на траву, реамюрия.