Переулок соединяет 5-ю и 8-ю линии Васильевского острова недалеко от Невы. Название известно с 1821 года и связано с тем, что переулок проходил по территории участка, принадлежавшего Академии наук. На углу 7-й линии находится знаменитый «Дом академиков» (дом № 12/2), построенный в начале XVIII века и получивший современный облик в 1809 году по проекту Андреяна Захарова. Здесь жили многие выдающиеся ученые; на доме со стороны 7-й линии установлено 20 мемориальных досок, больше, чем на любом другом здании Петербурга.

Улица Аккуратова проходит в Коломягах от 3-й линии 1-й половины до Фермского шоссе. Первоначальное наименование этой улицы – Мари-инская. Оно возникло около 1900 года и было дано по Мариинскому приюту общества призрения калек и идиотов несовершеннолетнего возраста. Приют же, в свою очередь, носил имя императрицы Марии Федоровны, супруги императора Александра III. Такие медицинские заведения находились под патронажем Марии Федоровны, императрица была покровительницей Российского общества Красного Креста. Приют находился в доме № 11, где и поныне располагается школа для трудных подростков.

26 декабря 1940 года улице дали новое имя. В Ленинграде было несколько Мариинских улиц. Тем декабрьским постановлением ликвидировались дублирующие названия и одновременно увековечивались имена бойцов Красной Армии, погибших в советско-финляндскую войну 1939—1940 годов.

Проезд стал называться в честь Федора Яковлевича Аккуратова (1915– 1940), стрелка-радиста 50-го скоростного бомбардировочного полка 18-й авиабригады 7-й армии Северо-Западного фронта.