Но беда не приходит одна. Из-за дефектов в эксплуатации был снят с производства двигатель М-88. 13 августа полеты на И-180 запретили и остановили его серийную постройку. Несмотря на это, в ОКБ продолжали совершенствовать истребитель, разработав, в частности, вариант с двумя турбокомпрессорами ТК-1.

Тем временем моторостроители срочно занялись доводкой М-88 (он устанавливался также на бомбардировщик ДБ-ЗФ), и вскоре были получены обнадеживающие результаты. Это позволило Поликарпову поставить вопрос о возобновлении серийной постройки И-180, и с октября 1940 г. по решению НКАП выпуск И-180 возобновился. К этому времени был изготовлен полный комплект технологической оснастки, обеспечивающей поточное производство.

"Работа по самолету И-180 начинает развертываться не только по войсковой серии, но и по первой и по второй сериям… Основным вопросом, тормозящим окончание и облет самолетов И-180, является вопрос с мотором М-88", — писал Поликарпов Яковлеву 3 ноября (двигатель прошел повторные госиспытания лишь в декабре 1940 г.).

Для выпуска массовой серии ОКБ разработало модификацию И-180-эталон 1941 г.(Е-5). Он отличался измененной конструкцией центроплана, перенесенным под кабину маслорадиатором, установкой радиостанции РСИ-4 и новым безредукторным мотором М-88А. Предусматривалась и более мощная модификация двигателя — М-89 в 1350 л. с (6) С ним максимальная скорость И-180 должна была достичь 650 км/ч.

И вдруг в конце 194Ц г. выходит решение о снятии И-180 с серийного производства! Основная причина, из многих субъективных, — недооценка истребителя с мотором воздушного охлаждения руководством НКАП. В предвоенных учебниках даже можно встретить утверждения, что при скоростях более 500 км/ч применение таких двигателей нецелесообразно.

"Это была, безусловно, ошибка наркомата, — писал в мемуарах Шахурин. — При выдаче заданий на проектирование самолетов перед войной чрезмерно увлеклись двигателями водяного охлаждения… Видимо, немецкий самолет Мессерш-митта с подобным двигателем у многих стоял перед глазами".