Это назначение его совпало с введением нового устава гимназий 1864 г., когда Симферопольская гимназия была преобразована в классическую с одним древним языком, но удержала прежнее право считать обязательным оба новые языка. С необыкновенной энергией взялся Е.Л. Марков за дело и трудами своими на пользу образования приобрел скоро известность во всей Тавриде. При нем вновь выработано было положение о гимназическом пансионе, который и раньше существовал при Симферопольской гимназии, но был закрыт в 1863 году за недостатком средств на его содержание. Марков нашел эти средства. Вместе с тем он подал мысль о настоятельной потребности для Симферопольской гимназии в приготовительном классе, который и был открыт в 1868 г. Благодаря энергичному ходатайству Маркова, Таврическое земство ассигновало средства на содержание младшего отделения приготовительного класса и пособие преподавателям русского языка, а также ассигновало крупную сумму на устройство для народных учителей педагогических курсов при приготовительном классе гимназии, которые происходили под его руководством. При Маркове было капитально перестроено здание гимназии, и в 1867 году в нем устроена была церковь. Марков обращал серьезное внимание на улучшение библиотеки гимназии, на кабинеты и классную мебель. Высокообразованный человек, просвещенный педагог, Е.Л. Марков был превосходным руководителем учащих и строгим, но справедливым и гуманным директором для учащихся, на которых он имел самое благотворное влияние. Во всех сослуживцах и подчиненных Марков умел вселить к себе чувство глубокого уважения, энергию и любовь к делу и оставил по себе самые приятные воспоминания, которые сохранились до сих пор. Много также потрудился Евгений Львович над улучшением уездных училищ в губернии, заводил при них ремесленные отделения и всегда настойчиво доказывал необходимость профессионального образования. Заботами и настояниями Маркова число училищ в губернии постоянно увеличивалось. И действительно, какое учреждение в состоянии было отказать его ходатайству, всегда подкрепленному вескими и основательными данными? При Маркове открыто было в Симферополе и женское училище 1-го разряда, преобразованное потом в гимназию.