Годы, когда Уолсингем был руководителем спецслужб, отмечены непрерывными войнами, перемириями, интригами, переговорами, в которых были замешаны и перемешаны интересы Англии, Франции, Испании, Нидерландов. Ссоры и примирения с королём Испании Филиппом II, королём Франции Генрихом III, вождями голландских повстанцев, герцогом Альба осуществлялись с помощью дипломатии и разведки. Пожалуй, никогда до этого она не была столь активна.

Но все внешние интересы спецслужб временно отошли на второй план, когда они всерьёз занялись разоблачением заговоров против Елизаветы. Ещё в 1580 году Рим объявил, что всякий, убивший Елизавету «с благочестивым намерением свершить божье дело, не повинен в грехе и, напротив, заслуживает одобрения». Видимо, за «божье дело» были обещаны и земные блага.

В 1582 году службой Уолсингема был задержан шпион нового испанского посла дона Мендосы. При тщательном обыске в изъятом у него зеркальце за задней крышкой обнаружили важные бумаги. Из них следовало, что иезуиты составили новый заговор с целью убийства Елизаветы и возведения на престол Марии Стюарт. Заговор имел кодовое название «английское дело».

Когда это «дело» стали раскручивать, то обнаружили, что Мария ведёт переписку с католическими державами через французского посла и членов его свиты. Агент Уолсингема поступил на службу к послу и сумел выведать подробности заговора. В результате сложного расследования с применением жестоких пыток Уолсингем узнал, что душой заговора является испанский посол. Уолсингем предложил Мендосе в течение пятнадцати дней покинуть Лондон.

Но в Англии продолжали зреть новые заговоры против Елизаветы. Поскольку их корни находились за границей, Уолсингем направил туда много агентов, «перекрестившихся» в католиков. Они проникали в центры заговорщиков. Иногда честно информировали своего шефа, иногда же, вроде некоего доктора Парри, вели двойную игру. Парри настолько увлёкся своей ролью, что сам предложил своим собеседникам организовать заговор. Те, конечно, донесли, и несчастному Парри в 1585 году отрубили голову.