Полиция, разведка и контрразведка Фуше действовали повсеместно. Они проникли и в армию, где тоже существовали антинаполеоновские настроения.

Прославленный республиканский генерал Моро не участвовал в заговорах, это подтверждала Фуше крутившаяся вокруг генерала агентура, но сам факт, что этот генерал, выйдя в отставку, был независим, являлся протестом против диктатора.

Главнокомандующий западной армией генерал Бернадотт не скрывал своего недовольства. Агентам Фуше не удалось установить, участвовал ли он в подготовке заговора, но на всякий случай начальник его штаба Симен и адъютант Марбо были арестованы.

Известно ещё несколько заговоров, раскрытых Фуше. Они имели целью покончить с первым консулом путём убийства или насильно навязанной ему дуэли. Важнейшим из них был заговор, в котором приняли участие генералы Донадье и Дельма, полковник Фурнье и другие офицеры. Дельма спасся, а остальные были арестованы.

Бонапарт старался скрыть от общества все эти заговоры (о них стало известно лишь позднее). Поступал он так для того, чтобы и Франция и Европа считали, что народ полностью и безусловно одобряет политику гениального человека, прокладывающего себе путь к престолу.

В 1800–1801 годах повсеместно действовали чрезвычайные трибуналы для борьбы с роялистами и республиканской оппозицией. Однако активность роялистов-эмигрантов, подогреваемая стремлением Англии убрать Наполеона, нисколько не уменьшалась.

Весной 1800 года полиция Фуше вскрыла заговор шуанов (вооружённых сторонников Бурбонов), предполагавших напасть на конвой, сопровождавший Наполеона по пути из Парижа в Мальмезон, и похитить первого консула.

Фуше заслал двух агентов к вождю шуанов Кадудалю, чтобы отравить его. Но Кадудаль оказался весьма проницательным и без труда разоблачил агентов. Обоих повесили на деревьях в назидание другим. Сам Кадудаль почувствовал опасность и бежал в Англию, где продолжал организовывать антинаполеоновские заговоры.