Одним из поручений Наполеона, выполняя которые Савари «попал в историю» как в буквальном, так и в переносном смысле, было похищение и убийство герцога Энгиенского. Министром полиции в то время был Фуше, и, казалось бы, этим грязным делом должен был бы заняться именно он. Но Фуше, хитроумный и дальновидный политик, нашёл способ самоустраниться.

Ещё раз напомним, что герцог Энгиенский не был ни заговорщиком, ни активным врагом Наполеона, он мирно жил в городке Эттенгейме на баденской территории и содержался на английские деньги. Наполеон решил расправиться с ним, обратив против него свою месть за действия графа д'Артуа и герцога Беррийского, действительных заговорщиков, живших в Англии.

Савари назначил исполнителем операции по похищению герцога Энгиенского своего агента Шульмейстера. Существуют две версии похищения несчастного герцога. По одной, более известной, «нарушив неприкосновенность государственных границ, драгунский отряд, вторгшись в пределы Бадена, 15 марта 1804 года захватил молодого герцога». По второй, более романтичной, была захвачена возлюбленная герцога и увезена в городок Бельфор, на территорию Франции, на самой границе с Баденом. И когда герцог, получив от неё письмо с просьбой о помощи, приехал вызволять её, он был схвачен. Читатель вправе выбирать любую из этих версий. Так или иначе, герцог Энгиенский был доставлен в Париж и уже через шесть дней приговорён к смерти комиссией, составленной из полковников парижского гарнизона. Его расстреляли 21 марта во рву Венсенского замка.

Это убийство вызвало во всей Европе чувство ужаса и тревоги. Особенно остро на него реагировало российское высшее общество: о разговорах в салоне мадам Шерер подробно рассказано в самом начале романа «Война и мир».

Но и несколько лет спустя, уже после Тильзитской встречи, об убийстве герцога не забыли.

Историк XX века А. Вандаль подробно описал разведывательно-дипломатическую миссию Савари в Петербурге.