Получивший эти сведения Пинкертон направил членам президентского окружения две предостерегающие записки.

21 февраля 1862 года он встретился с президентом и представил ему свои доказательства балтиморского заговора, при этом подвергся перекрёстному допросу, не менее придирчивому, чем в уголовном суде.

Одновременно сведения о заговоре поступили и из других источников, в том числе от Джона Кеннеди, начальника полиции Нью-Йорка.

С учётом всех этих сообщений условия поездки Линкольна из штата Иллинойс в Вашингтон были изменены. Охрана приняла срочные меры. Президент должен был выступать в Гаррисберге на банкете в его честь. Но по совету охраны он предусмотрительно покинул банкетный зал и проследовал к запасному пути, где уже стоял специальный поезд, состоявший из одного вагона. Внезапный отъезд Линкольна был объяснён приступом головной боли.

Поездкой президента, которая частично проходила через мятежную территорию, распоряжались директор железной дороги Фелтон и Пинкертон. По железной дороге, движение на которой было заранее прекращено, Линкольн был доставлен в Филадельфию. Он подчинился всем мерам предосторожности, которые требовала охрана. Ему пришлось изобразить из себя инвалида, которого опекала сердобольная сестра. Её роль исполняла миссис Кет Уорн из пинкертоновской команды. Кстати, она была первой женщиной в Америке, а возможно, и в мире, ставшей профессиональным частным сыщиком.

Президент и сопровождавшая его команда заняли три купе спального вагона поезда. В этот же поезд сели Джон Кеннеди и вооружённая охрана. По совету Пинкертона и распоряжению Фелтона бригады специально подобранных рабочих были посланы красить мосты. Эти люди могли стать резервом охраны в случае мятежа или нападения на поезд. На всех переездах, мостах и запасных путях дежурили вооружённые агенты Пинкертона, снабжённые сигнальными фонарями.