После этой победы Штибер стал руководителем отряда тайной полиции, созданной Бисмарком для обслуживания главного штаба.

Штабные дворяне, презиравшие шпионов, не пустили Штибера в офицерскую столовую. Тогда Бисмарк пригласил его к своему столу. Кроме того, он предложил Мольтке наградить Штибера орденом за отличную работу.

Мольтке пожаловал ему медаль, но после вручения извинился перед коллегами, что наградил презираемого ими человека. В ответ Бисмарк назначил Штибера губернатором Брюнна (Брно), столицы Моравии в период прусской оккупации.

По просьбе Бисмарка и при его поддержке Штибер заложил основы германской контрразведки. Он ввёл строгую цензуру всех писем и телеграмм, поступавших с фронта. С целью поднятия духа армии и населения он организовал Центральное информационное бюро. В ежедневных сводках оно сообщало о тяжёлых потерях врага, о панике, царящей в его рядах, о болезнях, недостатке боеприпасов, о раздорах. Этой тенденциозной информацией Штибер наводнял не только Германию, но и другие европейские страны. Он выдворил из Германии крупнейшее телеграфное агентство Рейтер, но вскоре обнаружил, что филиал агентства начал свою деятельность в Берлине. С ним он также быстро расправился, организовав в Берлине полуофициальное агентство доктора Вольфа, которое, в отличие от Рейтера, снабжалось правительственной и первоочерёдной информацией.

Заслуги Штибера не остались без высочайшего внимания. Король Пруссии Вильгельм I, ещё недавно относившийся к Штиберу с недоверием, стал называть его своим «плохо понятым и недостаточно оценённым подданным» и тайным агентом, заслуживающим не только золота, но и общественного почёта и военных отличий. Штибер был произведён в ранг тайного советника.

После войны с Австрией Бисмарк начал готовить другую — с Францией.