Турецкие власти сотрудничали с британской разведкой и мешали деятельности Папена. Но влиятельная клика турецких политиканов и журналистов находилась у него на службе. Он контролировал по меньшей мере две крупные турецкие газеты, используя их для антисоюзнической пропаганды.

В Анкаре Папен активно занимался антисоветской деятельностью. Ещё до его прибытия в Анкару в Турции действовали различные антисоветские группы. Он укрепил их людьми, бежавшими из Грузии и Азербайджана в начале 1920-х годов, организовал ряд «пятых колонн», в том числе «Лигу серого волка» и «Урало-алтайскую патриотическую ассоциацию». Его люди выполняли задания политического шпионажа и военной разведки, особенно в 1942 году, когда немцы вплотную приблизились к Кавказу.

Действия Папена стали настолько опасными, что советская разведка решила убрать его. Покушение на фон Папена окончилось неудачно: бомба взорвалась в руках у болгарина, который должен был совершить его. Папен был лишь легко ранен.

Папен вёл работу и на Балканах против Югославии, Румынии, Болгарии и Греции, подбирал «кадры», которые, проникнув в ряды патриотов, разложили бы их изнутри. Но тут он играл второстепенную роль, так как берлинский штаб считал Балканы своей сферой деятельности.

В 1944 году Турция порвала дипломатические отношения, а затем и объявила Германии войну.

После разгрома фашистской Германии в числе других главных военных преступников Франц фон Папен был передан Международному военному трибуналу. На Нюрнбергском процессе он с негодованием отрицал своё участие в мировом нацистском заговоре, заявляя, что он был честным дипломатом.