Пусть и на любительском уровне, Поттер всегда была в курсе самых последних достижений в микологии.
Ее первая опубликованная работа, представленная в Линнеевском обществе в 1897 г., была «О прорастании спор Agaricineae»
Поттер была одним из ранних пионеров теории, утверждавшей, будто лишайник – это содружество грибов и водорослей (не один, а два отдельных организма), и даже создала серию подробных рисунков, подтверждавших ее гипотезу. Британский научный истеблишмент заклеймил идею мисс Поттер (правильность которой, кстати, была позже подтверждена) как еретическую, но с восхищением отнесся к научным иллюстрациям автора. Этот талант пригодился Беатрис, когда та взялась за написание детских книг.
Жизнь первой из двадцати написанных Беатрис Поттер детских повестей началась в 1893 г. как письмо пятилетнему мальчугану по имени Ноэль Мур, чья мать была одной из гувернанток писательницы. Миссис Мур повесть пришлась по душе, и она убедила Беатрис ее опубликовать. В 1902 г. издатель Фредерик Уорн напечатал «Сказку про Кролика Питера», и к Рождеству было продано уже 28 000 экземпляров. За год Кролик Питер обрел такую популярность, что даже стал мягкой игрушкой – первым в мире запатентованным сказочным персонажем.
Прототипом Кролика Питера послужил реальный зверек – домашний кролик по имени Питер Пайпер, купленный для маленькой Беатрис в Шепердз-Буш
Имена для многих своих персонажей Беатрис позаимствовала с надгробий кладбища Бромптон в Лондоне, располагавшегося неподалеку от фамильного гнезда Поттеров в Южном Кенсингтоне. Питер Раббетт, Иеремия Фишер, мистер Наткинс, мистер Брок и мистер Макгрегор – все они покоятся там.