В политической сфере происходили еще более сложные явления, которые затем стали просто катастрофическими для страны и привели к распаду СССР. Начались первые, печально известные, массовые забастовки в угольной промышленности, разрушение традиционных структур административной системы управления, которое существенно опережало формирование рыночных механизмов, нарастали центробежные силы сепаратизма в республиках Советского Союза. А избранные Советы не могли быть дееспособны. Кризис политической системы отразился на экономике страны в полной мере. Она становилась неуправляемой.
Необходимо было срочно предпринимать меры по стабилизации экономики. Именно под его авторством известна одна из программ перехода к рыночной экономике того времени. В результате реформы, основанной на административных методах управления экономикой, кризис продолжал усиливаться, увеличение налоговой нагрузки на заработную плату высокооплачиваемых работников способствовало усилению теневой экономики. У него был свой взгляд на неудачи в сфере экономической политики, по его мнению, массы не приемлют курса реформ, не подготовлены к работе в новых условиях. К 1990-му году ситуация могла стать критической. Первой задачей нового правительства, в составе которого Л.И. Абалкин стал курировать вопросы экономической реформы, была подготовка развернутой программы оздоровления экономики, решения социальных задач, связанных с разработкой предстоящего 13-го пятилетнего плана. Первоначально было решено произвести структурные передвижки в народном хозяйстве, в результате чего планировалось увеличить производство потребительских товаров при относительном замораживании выпуска средств производства, что соответствовало переориентации экономики на решение социальных задач, на насыщение потребительского рынка.