Реформой необходимо было управлять, именно с этой целью была создана Государственная комиссия Совета Министров СССР по экономической реформе. Комиссия должна была разрабатывать научные основы и принципы управления экономикой в условиях радикальной реформы, осуществлять подготовку предложений по совершенствованию различных элементов хозяйственного механизма, организацию изучения зарубежного опыта. Она должна была также осуществлять координацию деятельности центральных экономических органов по подготовке методических и нормативных актов, необходимых для осуществления экономической реформы. В составе комиссии были достаточно квалифицированные и известные экономисты того времени, среди них академики А. Аганбегян и С. Шаталин, член-корреспондент АН СССР В. Мартынов, крупные специалисты по проблемам управления – профессора Р. Евстигнеев, Г. Егиазарян, Б. Мильнер. Целью функционирования комиссии была разработка концепции радикальной экономической реформы.

Концепция была разработана. Это был теоретический прорыв, поскольку в ней были заложены все основные идеи, подходы и принципы, которые в последующем легли в основу принимаемых законов и практических шагов правительства. Новая хозяйственная система стала включать в себя следующие элементы: многообразие форм собственности, их равноправие и соревнование; зарабатываемость доходов, их распределение в соответствии с вкладом в конечный результат; превращение рынка (в сочетании с государственным регулированием) в главный инструмент координации деятельности участников общественного производства; государственное регулирование экономики на основе гибкого экономического и социального планирования; обеспечение социальной защищенности граждан, как важнейшая задача государства. Значительной работой стало проведение сравнительного анализа возможных вариантов или альтернатив перехода к рыночной экономике.