На пятом году правления молодой фараон меняет имя. Отказавшись от имени Аменхотеп, в состав которого входит имя бога Амона, он называет себя Эхнатоном, то есть «угодный Атону», или «действенный дух Атона». Отныне власть царя хранит лучезарный бог Атон, культ которого был распространён ещё во времена Аменхотепа III.

Покинув Фивы, Эхнатон основал новую столицу Ахетатон (городище Телль-Амарна). За строительством и украшением города он следил сам.

Эхнатон выступал в качестве верховного жреца Атона, слагал многочисленные гимны в честь этого божества и проповедовал своё учение среди народа. Когда Эхнатон и Нефертити на великолепной колеснице проезжали по улицам города, толпа приветствовала их возгласами: «Жизнь, здоровье, сила».

Супругов соединяла глубокая любовь. Царица, как и её повелитель, поглощена «атонизмом». Она становится верховной жрицей особого святилища, где почитают культ заходящего солнца. Она — «умиротворяющая Атона голосом сладостным, своими руками прекрасными…».

Все поступки царицы свидетельствуют о том, что она хорошо разбиралась в людях, обладала умом, тактом, выдержкой и огромной волей. Неудивительно, что она становится главным советником мужа. Дипломатические подсказки и решения супруги приводили Эхнатона в восхищение, он не уставал прославлять её мудрость. Иногда преклонение перед царицей переходило все границы. Так, вознося клятвы Атону при основании новой столицы. Эхнатон клялся Верховному Божеству не только своим Богом-отцом, но и своей любовью к жене и детям.

Ещё более поразительно другое нововведение египетского царя. Теперь, объезжая свои владения, фараон брал с собой супругу. Кроме того, царица присутствовала при награждении сановников. По приказу Эхнатона в новой столице рядом с его скульптурами появились изваяния Нефертити. Такие же огромные и величественные. Фараон искусственно в противовес традициям насаждал культ царицы, подобно тому, как взамен одного бога он распространил культ другого.