Эхнатон всё чаще посматривал на Анхесенатон, третью свою дочь от Нефертити. Девочка, подобно утренней розе, была удивительно хороша собой. Старшая дочь, Меритатон, была замужем за Сменхкарой, которого прочили в наследники. Выдали замуж и вторую дочь, сватались к третьей, но фараон не спешил с новой свадьбой, отвергая всех претендентов.

Наконец он объявил, что избрал себе в жёны Анхесенатон и просит Нефертити подготовить её к столь серьёзному шагу, обучить искусству любви. Девочке восемь лет, она давно созрела для брачного ложа. Сам бог Атон указал ему новую избранницу.

Эхнатон повелел возвратить Кийа обратно в гарем. Отвергнутая любовница была обречена на вечное забвение, несмотря на то что родила фараону двух сыновей-принцев, которые считались незаконными и могли занять престол только став мужьями старших дочерей фараона и Нефертити. Эхнатон приказал переделать изображения Кийа и её имя на лики и имена дочерей от Нефертити.

После пятнадцатого года правления Эхнатона имя Нефертити больше не упоминается. Что же с ней случилось? Некоторые предполагают, что царица попала в опалу и по приказу Эхнатона удалилась в загородный дворец в обществе будущего Тутанхамона, которого она готовила к правлению.

Британский египтолог Николас Ривс считает иначе: исчезновение Нефертити в конце правления Эхнатона можно считать её продвижением в качестве соправительницы и наследницы фараона под другим именем. Возможно, она и есть тот таинственный фараон Сменхкара, пришедший на смену Эхнатону и бывший предшественником Тутанхамона.

Пожалуй, ближе всего к истине Сирил Олдред: Нефертити скончалась между тринадцатым и четырнадцатым годом правления Эхнатона. В таком случае фараон остался один, лишившись возлюбленной супруги, своей «несравненной царицы». Когда Нефертити умерла, фараон был сломлен.

Конец царствования Эхнатона окутан тайной. Последняя известная дата — семнадцатый год его правления. О смерти фараона ничего не известно. Вероятно, он не был погребён в семейной усыпальнице, где была похоронена его вторая дочь.