Перикл советовался с Аспасией по всем вопросам, даже государственным. Он рассказывал ей о том, что произошло на Совете. Вместе они находили решения самых запутанных проблем афинской жизни. Постепенно Аспасия сгруппировала в доме избранный круг друзей, которые помогали Периклу искать выходы из сложнейших ситуаций. Платон убеждён, что знаменитая речь Перикла, произнесённая им над воинами, павшими в первый год Пелопоннесской войны, создавалась не без помощи Аспасии.

В 442 году между Милетом, родным городом Аспасии, и Самосом возник территориальный спор. Войско милетцев было разбито, и тогда они подали жалобу в Афины. Самос тотчас объявил о своей независимости. По совету Аспасии Перикл настоял на военном походе против Самоса. Недоброжелатели тут же заговорили, что Аспасия ввергла Афины в войну, дабы помочь родному Милету. На самом же деле она, как и Перикл, поняла всю опасность выхода целого полиса из-под власти Афин.

Но враги Перикла и Аспасии не дремали. Народное собрание приняло решение о том, что люди, не верящие в богов или распространяющие учения о небесных явлениях, должны привлекаться к суду, как государственные преступники. Это был прямой удар по философу Анаксагору. Не надеясь на благоприятный исход судебного процесса против своего престарелого учителя, Перикл помог ему бежать из Афин в Лампсак. Второй жертвой стал Фидий. Аспасия, будучи единомышленницей обвиняемых, тоже была в известной мере скомпрометирована. Она так же, как и Анаксагор, верила, что солнце — огромный раскалённый камень, который больше Пелопоннеса, и что ветры образуются из разреженного солнцем воздуха. Кроме того, Аспасию обвиняли в сводничестве, в том, что она устраивала Периклу свидания со свободными афинянками в его доме.