На съезде была определена стратегическая цель: развитие вооруженной борьбы до всеобщего восстания. В то же время задача полного разгрома французской армии не ставилась. АНOA должна была непрерывно вести боевые действия, всеми возможностями ослабляя врага, чтобы лишить его перспектив военной победы. Объектами действия АНОА являлись также предприятия и стройки, пути сообщения, линии связи и т. д. По мнению руководства ФНО, такие действия должны были дестабилизировать обстановку в стране и тем самым вынудить французское правительство пойти на переговоры и в конечном счете признать независимость страны. Было принято решение выделить город Алжир и его пригороды в Автономную зону Алжира (АЗА), а на территории, примыкающей к северо-восточному участку границы с Тунисом, образовать Восточную оперативную базу (ВОБ). Командующие АЗА и ВОБ получили права командующих округами
В мае 1957 года для координации действий АНОА был создан Военный центр (в городе Алжир). Ему непосредственно подчинялись АЗА и два оперативных комитета: Западный, в который входили командующие 4, 5 и 6-м округами, и Восточный, включавший командующих 1, 2 и 3-м округами и ВОБ.
Военные округа имели четкую организационную структуру. Каждый округ делился на четыре-пять зон, зона – на четыре-пять районов, а район – на четыре-пять секторов. Сектор охватывал несколько деревень. Во главе каждой военно-территориальной единицы стояли командир и три его заместителя: по военным вопросам, по разведке и связи, по политическим вопросам (политкомиссар). Командир, его заместитель по военным вопросам и политкомиссар составляли триумвират, принимавший коллегиальные решения