Нельзя сказать, что Ставка не замечала собственных ошибок и промахов. Разработав и внедрив проект партизанских отрядов, командование старалось исправлять оплошности, производило необходимые расчеты, совершенствовало и шлифовало свою идею.

В середине апреля 1916 года по ходатайству Походного Атамана начался перевод партизанских отрядов в подчинение генерал-квартирмейстерским частям соответствующих армий с условием координации действий с войсковыми штабами боевых участков, занимаемых партизанскими отрядами. С этого времени работа последних ограничивалась пределами армий с подчинением армейскому и корпусному командованию.

С учетом специфики линии фронта на вооружение партизанских отрядов начали поступать специальные средства. Так, «для выполнения частных задач, в зависимости от местных условий, распоряжением штабов армий партизан желательно временно снабжать плавучими средствами, моторными лодками, средствами передвижения (техническими и конными), ножницами для резки проволоки, адскими машинами системы «Летта», кинжалами, револьверами и проч…».

В первых числах мая 1916 года в штабе Походного Атамана произошло совещание, на котором анализировались данные о работе партизанских отрядов с сентября 1915 года по май 1916 года. Выводы, сделанные тогда, не радовали: за все время действий партизанских соединений боеспособными оказались лишь 30% последних. Остальные отряды превратились в банды мародеров и грабителей или просто отказывались выполнять приказания. Низкая боеспособность отрядов была результатом также и крайне плохой организации связи между их командирами и штабом Походного Атамана. Это часто приводило к скученности отрядов в одном месте и бесцельной трате казенных денег.

Начальник штаба Походного Атамана генерал-майор Африкан Петрович Богаевский так охарактеризовал положение «партизанского дела» на фронтах: