Действуя против торгового судоходства, американские подводные лодки одновременно наносили чувствительные удары по японским боевым кораблям, особенно в период оставления Японией своих позиций в центральной и юго-западной частях Тихого океана. Лодками потоплено свыше 250 боевых кораблей, в том числе: линейных кораблей — 1, авианосцев — 13, крейсеров — 13, эскадренных миноносцев — 38 и подводных лодок — 22.

Наряду с использованием американскими подводными лодками торпедного оружия при действиях против торгового судоходства и боевых кораблей ими применялось также минное оружие и артиллерия. За период боевых действий подводными лодками было произведено 35 минных постановок, причем наибольшее число их осуществлялось в 1943 и 1944 годах. Первые минные постановки произведены лодками в октябре — декабре 1942 года в Сиамском заливе и на подходах к Японским островам, а последние — в начале 1945 года на подходах к Сингапуру. Мины ставились главным образом в Южно-Китайском море на подходах к Индо-Китаю, Малаккскому полуострову и острову Борнео, а также на подходах к юго-восточному побережью острова Хонсю. Основным назначением минных постановок в Южно-Китайском море являлось стремление затруднить движение танкеров, направлявшихся с нефтью из Голландской Ост-Индии и Индо-Китая в Японию.

Однако минные постановки лодок не имели сколько-нибудь существенного значения в общей борьбе на морских и океанских сообщениях Японии.

Незначительное количество поставленных на большом водном пространстве мин не могло создать минной угрозы при плавании судов и вызвать напряжение тралящих сил.

Некоторый успех имели американские подводные лодки в выполнении специальных заданий. В период подготовки и проведения американскими силами операций по захвату определенных районов или островов центральной части Тихого океана лодки оказывали активное содействие надводному флоту и авиации в осуществлении ими своих задач. Во время интенсивных налетов американской авиации на Японские острова (1944–1945 годы) подводные лодки спасли около 500 человек из состава экипажей сбитых и поврежденных самолетов.