В штабе также шла напряженная работа. По радио были получены сведения о том, что японцы высадились на побережье Саравака в северо-западной части Борнео и 11 января захватили остров Таракан, получив, таким образом, богатейшие нефтяные разработки. Отряды японского флота действовали в Целебесском море; новые ударные силы сосредоточивались в Кендари у юго-восточного выступа острова Целебес и в районе Бали, у восточного побережья Явы. В Сурабае становилось жарко.

Командующему подводными силами Азиатского флота нужно было разрешить ряд проблем. Административный отдел штаба переместился в Дарвин. Хотя административный и оперативный отделы были довольно независимы друг от друга и могли при необходимости действовать раздельно, все же это сказалось на работе штаба. Связь при плохом обеспечении запасными частями работала ненадежно.

К счастью, можно было поддерживать связь с адмиралом Хартом, хотя командующий Азиатским флотом много времени проводил в Батавии, где находился штаб голландского адмирала Гельфига. Так как командующий подводными силами Азиатского флота находился в подчинении у командующего Азиатским флотом (он же командующий флотом АВДА), то первый был лишен самостоятельности в действиях. Подводные лодки могли бы, например, успешно перерезать морские пути противника, но командующий подводным флотом не мог выбирать направления действий подводных лодок.

Неэффективность действия подводных лодок Азиатского флота в этот период объясняется также частично тем, что не были достаточно точно определены задачи подводных сил. Предвоенная концепция, заключавшаяся в том, что подводные лодки являются придатком военно-морского флота, очень тормозила действия лодок.

В конце концов командующий флотом АВДА адмирал Харт оказался перед фактом кризиса и должен был срочно собирать для оказания сопротивления противнику все имеющиеся силы. Был издан приказ о том, чтобы подводные лодки защищали Малайский барьер.