В 1943 году одновременно с начавшимся вытеснением американцами японских вооруженных сил из района Южных морей и, как следствие, сокращением линии японской обороны происходило дальнейшее расширение районов боевой деятельности американских подводных лодок. Подводные лодки начали действовать у Филиппинских островов, в Южно-Китайском море и на подходах к Малаккскому полуострову. Подводные лодки Тихоокеанского флота сосредоточили свои действия на южных подходах к острову Хонсю.
В 1943 году средние месячные потери торгового тоннажа Японии продолжали возрастать и составляли около 114 200 т. За этот год подводными лодками американского флота проведено 1049 торпедных атак, при этом выпущено 3937 торпед. В связи с общими улучшениями обстановки для боевой деятельности американских подводных лодок (улучшение базирования, оборудование лодок радиолокацией и усовершенствованной гидроакустикой) несколько повысилась и успешность их атак, составив в 1943 году 29,4 %.
В 1943 году метод использования американских подводных лодок почти не изменился, они продолжали действовать в одиночку. С установкой на лодках радиолокационных приборов с антеннами кругового обзора и антеннами на головке одного из перископов сближение с противником после получения радиолокационного контакта происходило в надводном положении, затем лодка погружалась и атаковала цель из подводного положения при помощи перископа. Во второй половине 1943 года значительное количество торпедных стрельб проводилось с угловой установкой прибора Обри.
В 1944 году США значительно расширили строительство подводных лодок, к концу года число их возросло до 156. К этому времени старые подводные лодки типа «S» были выведены из состава действующего флота.
Районы боевых действий американских подводных лодок в 1944 году продолжали оставаться теми же, что и в предыдущем году. Усилия лодок были сосредоточены главным образом против судоходства на коммуникациях, связывавших Японию с передовыми базами в средней и южной частях Тихого океана и портами Голландской Ост-Индии. Средние месячные потери торгового тоннажа противника в 1944 году составляли 205 000 т.