Если Национальный центр являлся в свое время как бы "подсобной" организацией, своего рода обычной, только расположенной во вражеском тылу частью наступающей на Петроград Северо-западной армии, и вся деятельность его была ориентирована именно на ее приближение, то Петроградская боевая организация к весне 1921 года развилась в организацию самостоятельную, ориентированную на самое себя.

Национальный центр представлял собой организацию монолитно-военную, по мере необходимости пересекающуюся с техническими специалистами и оборонно-военным производством. Внутренняя структура ПБО значительно усложнилась по сравнению со структурой НЦ. Объединенная организация кронштадтских моряков была лишь одной из составных частей ПБО, так же, как подготовленный ПБО Кронштадтский мятеж являлся только одной из ставок организации.

Помимо Объединенной организации кронштадтских моряков, ПБО включала в себя еще две группы - "профессорскую" и "офицерскую", и функции последней соответствовали, пожалуй, функциям НЦ как такового. Возглавляемая подполковником Ивановым, группа занималась непосредственно разработкой плана вооруженного восстания, которое должно было, начавшись одновременно в Петрограде, Рыбинске, Старой Русе, Бологом и на станции Дно, отрезать Петроград от Москвы. Петроград, согласно плану, делился на районы мятежа, во главе каждого из которых ставился опытный офицер. В офицерскую группу входили и агенты, пребывающие в Красной Армии и флоте.

"Профессорская" же группа - интеллектуальный и идейный стержень организации - была занята разработкой проектов государственного и хозяйственного переустройства России. В группу, помимо многих других, входили: ректор Петроградского университета, бывший сенатор профессор Лазаревский, подготавливавший проекты переустройства местного самоуправления, денежную реформу и план восстановления кредита, бывший министр юстиции Манухин, финансист князь Шаховской, профессор Тихвинский, князь Туманов, сотрудничавший в информационном центре РОСТА, князь Ухтомский, геолог Козловский...