В числе своих единомышленников новый генерал-губернатор хотел видеть и В.К.Арсеньева. 9 января 1912 года Арсеньев был назначен чиновником особых поручений Приамурского генералДгубернатора. Через полторы недели он уже стал исполнять должность штабДофицера «для исполнения поручений по рабочему вопросу» при Переселенческом управлении. К этому времени из СанктДПетербурга пришло приятное известие: отделение этнографии ИРГО наградило Арсеньева малой серебряной медалью за чтение лекций в 1910 году.

В феврале 1912 года Арсеньев отправился в важную командировку: в течение двух недель проверял состояние дел на Бирских каменноугольных копях и условия жизни рабочих. Вернувшись в Хабаровск, 8 марта он выступил с докладом о своей командировке в Приамурском отделе ИРГО. Через несколько дней его сообщение под названием «Река Бира, копи Бирского каменноугольного товарищества и строящаяся Амурская железная дорога» увидело свет на страницах «Приамурских ведомостей».

4 апреля 1912 года В.К.Арсеньева произвели в капитаны, а через два дня он выехал в тайгу «гонять» хунхузов. Десять месяцев провел он в командировке, обследовав за это время Никольск-Уссурийский, Иманский и Ольгинский уезды. Затем были и другие командировки.

В январе 1917 года подполковника Арсеньева зачислили в военное ведомство, а 28 марта определили в 13-й Сибирский стрелковый запасной полк. В начале мая Владимиру Клавдиевичу пришлось поехать на фронт. Однако благодаря усилиям друзей, которые посылали письма в различные инстанции, а также ходатайству Академии наук, Русского географического общества и его дальневосточных отделов перед Временным правительством, 27 мая В.К.Арсеньева сняли с поезда в Ачинске, и вернули в Хабаровск в распоряжение штаба Приамурского военного округа.